如果費用充足，樣品瓶每次用新的好。如果要重復使用，清洗的方法也很重要，首先用強氧化清洗液浸泡24小時，然后用去離子水在超聲波條件下清洗三次，再用甲醇清洗一次，烘干即可使用。瓶墊一定要換成新的，特別是分析農藥殘留時，一定要換，否則會影響定量結果。也可以選擇以下幾種正確的方式清洗樣品瓶。

方案一

1、倒干色譜樣品瓶內試液。

2、全部浸入95%酒精，超聲洗2次后倒干，因為酒精易進入1.5mL的小瓶，且能與大多數有機溶劑互溶以達到。

3、倒入清水，超聲洗2次。

4、倒干瓶內洗液，于110攝氏度烘1~2小時，注意不能于高溫下烘烤。

5、冷卻，保存。

方案二

1、先用甲醇（色譜純）浸泡，并超聲清洗20分鐘，后將甲醇倒干。

2、再將色譜樣品瓶內注滿水，超聲清洗20分鐘，后將水倒干。

3、后將色譜樣品瓶烘干。

方案三

1、自來水沖洗幾遍。

2、放入倒有純水的燒杯中，超聲15分鐘。

3、換水，再超聲15分鐘。

4、泡在倒有無水乙醇的燒杯中。

5、然后取出自然風干。

方案四

1、一般都是先用清水沖洗烘干后再用強氧化清洗液洗液浸泡。

2、首先使用醫用酒精侵泡4個小時以上，然后超聲半個小時，然后倒出醫用酒精，使用水超聲半個小時，用水沖洗后烘干。